Bactrac, microbial source tracking

Les sources de pollutions fécales des zones littorales peuvent être ponctuelles ou diffuses, accidentelles ou chroniques. Elles proviennent principalement des bassins versants en amont, où s’exercent à la fois des activités urbaines ou agricoles, et des zones à proximité du littoral. La faune sauvage peut également être à l’origine de contaminations.

L’identification de ces sources de contamination fécale permet de mieux les gérer, et de prévenir les impacts anthropiques sur les eaux de baignades et les eaux conchylicoles.

Le projet Bac Trac

Le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM), d’Ifremer, centre de Brest en partenariat avec le Laboratoire des Pyrénées et des Landes (LPL ; coordinateur) et le laboratoire EPOC (Environnements et Paléoenvironnements Océaniques et Continentaux) de l’Université de Bordeaux, se sont associés dans le cadre du projet Bac Trac pour développer une méthodologie complète de détermination des origines de contaminations fécales couplant deux méthodes analytiques de type « Microbial Source Tracking ou MST », permettant d’identifier les sources de contamination des eaux de surface. Ce projet a reçu un financement de l’Agence de l’Eau Adour-Garonne, des collectivités locales de la côte basque et du bassin d’Arcachon.

Ce projet a permis de comparer et valider les deux principales approches retenues :

- Approche « MST culture » (méthode culture et librairie dépendante), mise en place par le laboratoire EPOC, qui repose sur l’isolement et le génotypage (ERIC-PCR) de souches d’Escherichia coli présentant des profils hôte-spécifique;

- Approche « MST PCR » (méthode culture et librairie indépendante), retenue par le LSEM, et qui repose sur la recherche de marqueurs bactériens en utilisant la PCR en temps réel (qPCR) et tout particulièrement les marqueurs Bacteroidales associés à un hôte. Les Bacteroidales sont des bactéries anaérobies majoritaires du tractus digestif présentant pour certaines d’entre elles une spécificité d’hôte : Homme, bovins ou porcins, par exemple. D’autres marqueurs de PCR en temps réel ont également été testés par le LPL tels que les marqueurs mitochondriaux humains.

Les marqueurs les plus pertinents ont été appliqués sur des eaux collectées sur différents sites de la côte basque et des bassins versants en amont.

In fine, ce projet propose une « MST  toolbox » permettant aux instances locales d’évaluer la contribution de différentes sources de contamination : par l’Homme, les animaux d’élevage et la faune sauvage dont les oiseaux.