Le Bassin d’Arcachon, lagune semi fermée, est un écosystème qui subit une pression anthropique croissante.
De façon emblématique, il constitue en parallèle un site majeur de production ostréicole. D’autres coquillages sont également exploités dans le Bassin comme les palourdes, les coques et les moules. Dans ce contexte, la qualité microbiologique de ses eaux constitue un enjeu majeur qui recouvre à la fois la santé des usagers des plages, la sécurité de l’activité conchylicole et le développement touristique.
Le réseau REMI (Réseau de Contrôle Microbiologique des Coquillages) d’IFREMER comporte de nombreuses stations de suivi sur le Bassin.
La plupart de ces points présente une contamination bactérienne stable ou en diminution depuis 10 ans, à l’exception de points situés dans l’angle sud-est du Bassin et d’un point situé à côté du Pyla, présentant quelques épisodes ponctuels de contamination.
Par ailleurs, d’après les données du SIBA, qui effectue, pour le compte de l'ARS (ex-DDASSS) depuis 1997, un suivi de la qualité des eaux de baignade sur 24 sites, les plages du bassin sont classées en catégorie A (rarement en catégorie B) depuis plus de 10 ans.
Ces différents résultats indiquent donc que même si la qualité microbiologique globale du Bassin d’Arcachon est satisfaisante, quelques épisodes ponctuels (dans le temps et l’espace) de contamination microbiologique existent. Or vouloir maintenir (voire améliorer) le bon état écologique d’un système aquatique nécessite de caractériser les sources potentielles de dégradation de la qualité du milieu.
Grâce à la politique mise en place par le SIBA depuis plus de 30 ans, centrée sur l’objectif « zéro rejet dans le Bassin », les eaux usées ne représentent plus une source de contamination microbiologique (99% de raccordement, un émissaire à l’océan).
Les sources diffuses de pollution restent plus difficiles à localiser et à contrôler.
Dans le Bassin d’Arcachon, ces sources potentielles de contaminations fécales sont nombreuses et variées. Plusieurs hypothèses peuvent être avancées :
- les eaux pluviales,
- les nombreux affluents qui se déversent dans le Bassin dont les principaux sont l’Eyre et le Canal du Porge,
- les fèces d’oiseaux présents en grand nombre sur le Bassin notamment en hiver.
- la fréquentation touristique notamment dans les zones de baignade et de nautisme,
- d’éventuels apports diffus liés aux activités agricoles dans les bassins versants.
Par ailleurs, des études récentes démontrent également que les bactéries fécales rejetées dans le milieu aquatique sont capables de s’implanter dans cet environnement et d’y survivre mais également de s’y multiplier : processus de naturalisation. Ainsi, le sédiment peut être identifié comme habitat secondaire potentiel. Sous l’effet de facteurs physiques (marées, courants, etc.), ces bactéries naturalisées peuvent être ensuite remises en suspension dans la colonne d’eau.



